CLC Genomics Workbench For Mac是款适合Mac电脑中使用的日常生物信心学辅助工具。CLC Genomics
Workbench For Mac官方版不仅为您提供在广泛领域内进行研究的工具，而且还积极参与科学界，领域及其自身工具的开发。CLC Genomics
Workbench For Mac中还提供一整套包括微生物和宏基因组学，单细胞分析或小基因组处理的功能。
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软件功能
1、重新排序
CLC Genomics Workbench支持完整的重测序流程，用于检测和比较遗传变异。处理大量样品时，高效的算法可减少运行时间，而可定制的分析工作流程和批处理则可将动手时间缩短到最小。
CLC Genomics Workbench允许您专注于对检测到的变异的生物学解释。
2、读取映射
重新排序的第一步是准确的读取映射。我们的算法经过优化，可以快速，高效地存储大量数据，以进行高质量的映射。
该算法为各种数据格式提供了全面的支持，包括短读取和长读取，以及成对读取数据的所有形式，无论插入大小或读取方向如何。它还支持使用混合数据集。局部重排可以大大降低某些变体类型的假阳性检测率。我们的目标是减少您的手工工作，并专注于从原始NGS读数中获得生物学上有意义的结果。
3、转录因子ChIP-Seq
即使在没有对照样品的情况下，最新的改进也有望对转录调控有更深入的了解。转录因子ChIP-seq暴露了整个基因组中转录结合位点的特征峰区域。通过我们久经考验且受信任的交互式图形用户界面，所有这些都可以访问。
4、亚硫酸氢盐测序
胞嘧啶甲基化可能是表观遗传调控基因表达的最佳研究形式。用于CLC基因组学工作台的Bisulfite测序插件可为科学家在研究胞嘧啶甲基化数据时面临的常见问题提供一站式解决方案。
5、工作流程
工作流将所选工具简化为一项分析。工作流可以批量运行，使其成为功能强大的工具，可在最少的用户干预下处理大量样品。您可以按照自己的科学出版物轻松地设置自己的工作流程，并与同事或其他研究人员创建并共享工作流程安装程序文件。商业附加组件引入了预配置的示例工作流程，以使您从数据到发布的速度更快。
6、de novo
我们值得信赖的de novo汇编器，并带有修整工具，可删除低质量的数据，从而快速提供汇编质量并有效地利用计算资源。就像我们的读取映射器一样，支持多种NGS数据类型，并且混合程序集结合了短读取和长读取的独特优势，从而获得了最佳结果。如果长读段的组装(例如PacBio)或基因组整理是主要重点，那么可以使用商业CLC基因组整理模块来增强CLC Genomics Workbench 。
7、RNA序列
免费的“ Advanced RNA-Seq插件”将所有分析步骤(从读数的二次分析到复杂的统计数据)集成到易于使用的工作流程中，并提供了从案例控制或多重分析等多种实验设计的访问权限组实验到多因素实验。所有工具都考虑了由于测序深度而引起的差异，从而无需对输入数据进行标准化。用于批次效应的多因素统计控制，并支持配对研究。统计结果可以在基因组环境中显示为轨迹，表视图或通过许多利用元数据的可视化选项进行可视化：火山图，二维热图，主成分分析和维恩图。
8、组蛋白ChIP-Seq插件
组蛋白的乙酰化是重要的表观遗传适应，与染色质去浓缩和基因表达上调或下调有关。用于CLC基因组学工作台的Histone ChIP-Seq插件可检测基因或其他预定义基因组区域中Histone乙酰化标记的证据。
9、变异分析
CLC Genomics Workbench提供了一系列准确的变体检测器，可检测单核苷酸变体(SNV)，多核苷酸变体(MNV)，中小尺寸的插入，缺失或替换以及大型结构变体。仅由一小部分映射读物支持的灵敏检测所谓的“低频”变异的算法就构成了检测工具。为了使检测出的变异有意义，CLC Genomics Workbench提供了一系列过滤器和比较工具。
10、元基因组学
发现微生物群，其元基因组和宿主之间的关键相关性。通过用于分类学和功能性微生物组分析的工具和简化的分析工作流程，可以轻松了解复杂的宏基因组学数据。借助诸如CLC微生物基因组学模块(超链接)之类的商业附加产品，工作台成为微生物学家的领先解决方案。
11、还有更多功能：
使用CLC Genomics Workbench，您可以享受更多属于每个生物信息学专家库的工具。享受丰富的系统发育工具集，创建自己的BLAST搜索，设计PCR或实时PCR引物，并利用分子生物学工具开发10年的优势。
软件特色
1、全面的NGS数据分析
用户友好的生物信息学软件解决方案可对您的NGS数据进行全面分析，包括整个基因组和从头组装转录组，有针对性的重测序分析，变异调用，ChIP-seq和DNA甲基化(亚硫酸氢盐测序分析)。
发现微生物群，其元基因组和宿主之间的关键相关性。通过用于分类学和功能性微生物组分析的工具和简化的分析工作流程，可以轻松了解复杂的宏基因组学数据。
受支持的NGS平台是Illumina，IonTorrent，PacBio和GeneReader。
RNA-seq和小RNA(miRNA，lncRNA)转录组学工作流程，用于在基因和转录本水平进行差异表达分析。
2、新增：生物医学基因组学分析1.0
在CLC Genomics Workbench上安装此插件可提供以前通过运行Biomedical Genomics Workbench并安装现已淘汰的插件QIAseq Targeted Panel Analysis可获得的功能。获得对生物医学即用型工作流程，QIAseq分析工具和工作流程或GeneRead分析工具和工作流程的访问权限。
用于人类，小鼠和大鼠基因组的生物医学工作流程包括遗传性疾病工作流程(三重分析)和用于FFPE或液体活检的肿瘤学体细胞突变检测工作流程(单个样品或肿瘤正常匹配的样品)，包括对SNP，MNV，InDels，Tandem的灵敏检测重复序列，结构变体，融合基因和CNV。包括带有保守性分数的注释和dbSNP，ClinVar上的过滤步骤。
3、在人类疾病研究中发现导致突破性发现的信号
现在，可通过CLC Genomics Workbench和免费插件Biomedical Genomics Analysis提供生物医学基因组学分析和面板数据分析功能。这些一起替代了Biomedical Genomics Workbench，以及插件QIAseq靶向面板分析和QIAGEN GeneRead Panel Analysis插件。
4、即用型工作流程
通过Biomedical Genomics Analysis插件访问即用型工作流程。
现有生物医学基因组学工作台用户熟悉的即用型工作流程已得到改进和更新。现在，CLC Genomics Workbench 12版本中的所有用户均可使用它们。
5、带领自己的发现
修改工作流和发现参数，以假设为导向的分析将指导您获得最有希望的突破。
6、发现更多，更快
简单性，灵活性和准确性相结合，可为您提供比开源替代方案快50%以上的解决方案，并具有得到全面支持的附加优势。
7、定制的工作流程可加速您的数据分析
CLC基因组学工作台的开发旨在支持各种NGS生物信息学应用。工作流可以将质量控制步骤，适配器修整，读取映射，变体检测以及多个过滤和注释步骤组合在一起，形成一个管道，您可以与同事共享并单击即可执行。
应用领域
♦ ChIP-seq 组蛋白插件
组蛋白的乙酰化与染色质解凝以及基因上调下调表达等重要表观遗传现象相关，该插件可以检测基因或其他预定基因组区域中组蛋白乙酰化标记的证据。
♦ 亚硫酸盐测序
胞嘧啶甲基化可能是表观修饰调控基因表达的最佳案例。CLC Genomics Workbench 的 Bisulfite Sequencing 插件为科学家在研究胞嘧啶甲基化时面临的常见问题提供了一体化解决方案。
♦ RNA-seq
软件将测序数据的标准二级分析和高级统计方法结合到一起，并且提供case-control、多组实验以及多因素实验的设计。所有工具都可以解决由于测序深度引起的差异，无需对输入数据进行标准化。统计结果可以采用track格式、表格或通过多种可视化方式来展示Metadata，例如火山图、2D热图、主成分分析和韦恩图。
♦ 从头拼接
De novo 拼接算法包含Trim工具，可以去除低质量的测序数据并通过有效利用计算机资源快速提供高质量的基因组组装结果。和比对方法一样，CLC软件支持各种类型的NGS数据，并且支持短/长reads的测序数据的混合拼接。
♦ 宏基因组和病原体分析
CLC Genomics Module 为微生物学家提供了一个好的解决方案。简单直观的分析工作流程使用户能够对微生物群落中的微生物种类和功能进行鉴定并比较。病原体分型功能确认了病原体的特性，并允许研究人员在流行病学样本信息的背景下构建疫情爆发图谱。所有的病原信息、数据和结果都可以在一个分析窗口中进行管理。
